树木和森林
森林覆盖约30%的领土（3000平方公里），但它们大多集中在山区。它们是巴尔干半岛混合森林的典型，由落叶树、针叶树、灌木丛和灌木组成。在落叶树中，巴尔干山毛榉（Fagus taurica）、各种橡树，如无柄栎（Quercus petraea）和匈牙利栎（Quercus frainetto）、白桦（Betula papyrifera）和光滑榆树（Ulmus laevis）是主要树种。在海拔800米以上的山区，松树占主导地位：白杉（Abies alba），高度可达50米；波斯尼亚松（Pinus heldreichii）；云杉（Picea abies）；苏格兰松（Pinus sylvestris）和马其顿松（Pinus peuce），海拔最高可达2200米。最后，在灌木中，我们发现柳树（Salix caprea）、山松（Pinus mugo）和榛子树（Corylus avellana）。由于广泛的非法砍伐森林，自1998-1999年战争结束以来，科索沃已经失去了5%至10%的森林面积。然而，尽管当局认为这种衰退正在被制止，但现在一半以上的树木都不到20年的历史。
山地和国家公园
将科索沃包围在东部和西部的两座大山丘是2012年创建的两个国家公园的所在地。
阿尔巴尼亚阿尔卑斯山国家公园（Parku Kombëtar Bjeshkët e Nemuna/Nacionalnipark Prokletije） ，占据了阿尔巴尼亚阿尔卑斯山丘陵的西南部，与黑山和阿尔巴尼亚接壤
。它的面积为630平方公里，海拔高度为2656米。它包括宏伟的鲁戈瓦山谷和科索沃最荒凉的地区，其中一些地区是不可穿越的，大约有1000种植物和该国250种脊椎动物中的200种（熊、狼、猛禽、野猫、麂子等）。
沙尔山国家公园（Parku Kombëtar Malet e Sharrit/Nacionalni park Šar Planine） ，占地533平方公里，位于沙尔山的南部地区。它与马其顿北部接壤，海拔高度为2651米。由于其多样的形态和小型冰川湖的存在，这里的生物多样性更加丰富，约有1500种植物，包括约40种在冰河时代末期存活了24000年的北极高山植物：地衣、真菌和一种美丽的白色花朵--八瓣山菊（Dryas octopetala），它恰好是冰岛的象征。该公园也是科索沃几乎所有脊椎动物的家园。这两个保护区的动物群受益于与其他两个相邻公园的连续性：阿尔巴尼亚的瓦尔博纳山谷国家公园（80平方公里）和北马其顿的巨大的沙尔山国家公园（2400平方公里）。然而，在巴尔干半岛的这一部分，由于缺乏足够的预算和缺乏确保环境保护的政治意愿，"国家公园 "的概念仍然相当理论化。因此，在科索沃和阿尔巴尼亚的国家公园内，偷猎和非法砍伐森林仍然是常见的做法。然而，在科索沃北部，第三大山地，即科帕尼克山，却更多地幸免于毁林。它还得益于靠近塞尔维亚的卡帕尼克国家公园（121平方公里），那里的环境得到了更好的保护。科帕尼克山是科索沃森林覆盖率最高的地区（810平方公里，占全国森林面积的27%），这里有大约1600种植物，包括稀有的花卉，如科帕尼克的Houseleek（Sempervivum kopaonikensis）。潘契奇的红豆杉（Cardamine pancicii）、巴尔干苏木（Rumex balcanicus）、保加利亚蓍草（Achillea bulgarica）或南斯拉夫钟（Edraianthus jugoslavicus）。哺乳动物很少（野猪、野猫等），但有170种鸟类和一种该地区的典型蝴蝶--巴尔干珊瑚（Colias caucasica balcanica
）。 科索沃还有11个由南斯拉夫当局在20世纪50年代至80年代创建的所谓 "严格 "的自然保护区。其中八个位于两个国家公园内。其他三个是Kamilja（228公顷，在Kopaonik山），Nerodimka Diffluence（13公顷，在Ferizaj/Uroševac附近）和Gazimestan（12公顷，在Pristina附近）。后者是著名的科索沃牡丹的故乡。科索沃牡丹和蛇纹石植物群
标志性的科索沃牡丹（Pæonia decora Anders）是歌曲、诗歌和小说的主题，从5月开始绽放，花瓣鲜红。在塞尔维亚语中称为kosovskih božura，在阿尔巴尼亚语中称为tulipa kosovarica ，它是塞尔维亚人的伟大象征之一。据传说，牡丹原本是白色的，但在1389年的科索沃波列战役之后，红色的花朵开始在加齐梅斯坦生长，那里是战役的遗址，浸透了倒在奥斯曼人手下的塞尔维亚士兵的鲜血。根据传统，他们传播到整个塞尔维亚，但他们的红色在科索沃最为鲜艳。事实上，这种牡丹存在于非常特殊的地方：蛇纹石露头。在科索沃，这些东西存在于Gazimestan（普里什蒂纳附近）和科索沃平原（东北部），在该国中部的Kopaonik山（北部），以及Kaçanik/Kačanik（东南部）和Gjakova/Đakovica（西南部）地区。由于其地质成分，这些岩石露头会释放有毒的重金属，是适应这种恶劣环境的植物物种的家园，包括减少生长。除了著名的血牡丹外，科索沃的蛇形植物群还包括巴尔干地区一些最稀有的物种，如淡紫色的伊利安剑兰（Gladiolus illyricus）、白色或红色的塞尔维亚郁金香（Tulipa serbica）、有黄色花瓣的濒危阿尔巴尼亚百合（Lilium albanicum）以及在严冬时节开花的匈牙利耧斗菜（Colchicum hungaricum）。
猞猁、狼和熊
这是在科索沃最有名的三种动物。也是该国50种哺乳动物中最濒危的物种。作为欧洲猞猁的一个亚种，巴尔干猞猁（Lynx lynx balcanicus）已经变得非常罕见，估计这种猫科动物只剩下50只（2000年为90只），主要在北马其顿和阿尔巴尼亚，2017年在科索沃的萨尔山观察到两个标本。棕熊（Ursus arctos）和灰狼（Canis lupus）也处于濒危状态，但据估计在科索沃、沙尔山和阿尔巴尼亚阿尔卑斯山各有80头。自1999年以来，这些物种一直是激烈偷猎的受害者，不是被猎人杀死，就是在一些熊的情况下，被抓来当做景点使用。自2012年以来，它们一直受到保护，在普里什蒂纳附近，已经建立了一个小型保护区，以容纳大约20个植物群落。然而，这些食肉动物的保护仍然是脆弱的，因为现在在科索沃濒临灭绝的是它们的主要猎物，即巴尔干麂和獐子。在其他哺乳动物中，狐狸、野猪、竹竿猫和野猫的情况不太令人担忧。自2014年以来，还涌入了金豺（Canis aureus），近年来它从希腊蔓延到欧洲大部分地区，包括法国。
鸟类、鱼类和河流
科索沃理论上是180种鸟类的家园，但所有这些鸟类都在急剧减少。有些可能已经在国内消失了，如雀鹰（Accipiter brevipes）和帝王鹰（Aquila heliaca）。在剩下的大型鸟类中，仍有10对红嘴鸥（Tetrao urogallus）、20对仓鸮（Bubo bubo）和25对红隼（Falco naumanni）。阿尔巴尼亚人喜爱的金鹰（Aquila chrysaetos）保持着3对。候鸟很少，但每年春天约有30对白鹳（Ciconia ciconia）返回斯蒂尼卡（米特罗维察地区）、米鲁沙/比纳卡-莫拉瓦（东南部）和白德林（西南部）的山谷中筑巢。河流中的动物群仍然很不为人所知，有记录的鱼类有27种，其中三分之一属于鲤鱼科(cyprinidae)。不幸的是，科索沃首先是巴尔干地区太阳鲈鱼（Lepomis gibbosus）繁殖的主要来源，这是一个从美国进口的入侵物种。
蝰蛇、蝴蝶和蝎子
在科索沃记录的35种爬行动物中，应该注意到两种龟类，一种是水生的，即西斯蒂德（Emys orbicularis），另一种是陆生的，即赫尔曼龟（Testudo hermanni），但最重要的是许多蛇类，由于捕食性鸟类数量的减少，它们正在激增。奥尔西尼蝰蛇（Vipera ursinii）有毒，但对人类的危害不大。豹纹蛇（Zamenis situla）无毒，但它可以咬人。即使事故很少，也应该特别警惕角蝰蛇（Vipera ammodytes）和蝰蛇（Vipera berus），这两种蛇的毒液对人类有危险。至于昆虫这个庞大的家族，在科索沃还没有太多的研究课题。物种正在逐渐被确认。这就是2021年的情况，当时一位科学家在阿尔巴尼亚阿尔卑斯山海拔2000米的地方发现了Limnephilidae（一种水生苍蝇）的一个新代表，并将其命名为......Potamophylax冠状病毒！"。当时，Covid-19大流行病正在全面展开。无论如何，它至今是该国唯一真正特有的物种（即只在科索沃发现），动物群和植物群相结合。至于蝴蝶，目前有171只，其中一半可以在米鲁沙瀑布遗址（普里兹伦地区）观察到。而在数以千计的甲虫中，最稀有、最优雅的是Ampedus quadrisignatus，因为其美丽的黄色甲壳上有四个黑点而得名。最后，在蛛形纲动物中，除了159种蜘蛛之外，还有三种蝎子：Euscorpius mingrelicus、Euscorpius carpathicus和Alpiscorpius beroni。这些物种的长度为3至4厘米，一般生活在阿尔巴尼亚阿尔卑斯山的高海拔地区，它们的毒液不会对健康的成年人构成危险。
