根深蒂固的原宗教
萨满教的实践可以追溯到时间的黎明。它既是一种传统的实践，也是对自然界奇思妙想的适应，更是一种真正的宗教。但在游牧民族中，文化的口头传播特别重要，并将几代人联系在一起，萨满教比其他地方更加根深蒂固。吉尔吉斯斯坦很适合这种趋势：少数村庄和山谷相互之间非常孤立，距离遥远，几乎没有大的城镇，没有教育系统......因此，萨满教在人口中一直很盛行，甚至到今天。在共产主义政权下被正式消灭的巫师，在独立后重新出现。他们被称为巴克西（bakshi），通过召唤神灵来治愈邪恶。许多萨满教的做法也渗透到后来在该地区出现的宗教中，特别是伊斯兰教。这种伊斯兰教将受到萨满教传统的熏陶，成为该国北部地区人口的主流趋势。人们仍然相信邪眼，燃烧草药以净化环境并带来好运，并心甘情愿地提供护身符。
第一个有组织的宗教
从公元前二千年起，居住在中亚西部和伊朗的雅利安人部落就开始信奉马兹达教。这种多神教承认胡拉-马兹达是最强大的神。它的仪式是由魔法师进行的，他们实行净化火的崇拜和动物祭祀仪式。公元前1000年左右，查拉图斯特拉改革了马兹达教，创立了拜火教。在其他方面，他反对祭祀和对Haoma的崇拜，Haoma是通过令人陶醉的饮料给予力量的神，相反，他颂扬善神，Ahura Mazda，智慧的主，以及Spenta Manyu，圣灵和破坏者Ahriman之间的斗争。它把宇宙设想为两个原则的斗争，即善和恶，像白天和黑夜，热和冷一样相互对立。虽然是一神教，但琐罗亚斯德教保留了马兹德神殿，其神灵米特拉和阿娜希塔是中亚地区最著名的神灵。
圣典
琐罗亚斯德教的圣典被归入《阿维斯塔》。这些文本据说是在公元前二千年用阿维德语写成的，由法师们口头传播了很长时间，然后很晚才誊写出来，可能是在萨珊王朝时代的末期。火、水、空气和土是神圣的元素，不能被玷污。因此，死者既不被埋葬，也不被焚烧，而是必须暴露在达克马中，达克马有时是被称为瑙斯的小建筑，如在彭吉肯特（塔吉克斯坦）发现的，或位于山上的封闭空间，如在伊朗或卡拉卡尔帕克亚（乌兹别克斯坦）看到的 "沉默之塔"。最重要的骨头，也就是死者灵魂所在的地方，被收集在陶器中，即osteotheques，或放置在被称为Ostadan的封闭空间内。琐罗亚斯德教是萨珊王朝的官方宗教，在索格迪亚纳和巴克特里亚广泛流行。在塔吉克帕米尔和卡拉卡尔帕克亚有拜火教寺庙的遗址。该宗教在印度北部以及伊朗仍在实行。
伊斯兰教在吉尔吉斯斯坦的扩张
吉尔吉斯斯坦的突厥人和蒙古人部落，尽管他们中的许多人皈依了拜火教，但他们一直信奉一种接近萨满教和泛灵论的宗教。最早皈依有组织的宗教是一些佛教或景教改信者的工作，他们沿着印度和中国之间的丝绸之路。起初，他们的大汗皈依伊斯兰教一定是相当正式的，尽管穆斯林享有特殊的光环，因为他们的传教士也是战士。伊斯兰教吸收了 "异教徒 "的习俗和仪式，并得以生存，这主要归功于苏菲兄弟会的劝说。但在今吉尔吉斯斯坦西北部的塔拉斯之战后，穆斯林停止了他们的征服阶段，而吉尔吉斯斯坦这个多山的国家始终离权力和决策中心非常遥远，因此，除了伊斯兰化比其他民族晚之外，还比其他控制较好的地区保留了更多的宗教自由。今天，中亚伊斯兰教以逊尼派为主，混合了琐罗亚斯德教、摩尼教、佛教和泛灵论的信仰，并且仍然受到苏菲兄弟会的强烈影响。
不好的影响
尽管莫斯科在1932年至第二次世界大战期间对伊斯兰教的做法进行了斗争，但伊斯兰教从未被苏联人根除，在独立后很快重新出现。20世纪90年代初，极端主义运动，如费尔干纳河谷的瓦哈比主义，产生了乌兹别克伊斯兰运动，以及伊斯兰战士对吉尔吉斯斯坦南部巴特肯地区的入侵，导致了乌兹别克当局的广泛镇压。
吉尔吉斯斯坦不得不应对其两个邻国--乌兹别克斯坦和塔吉克斯坦的武装宗教运动，而在中亚的 "瑞士 "却从未出现过极端主义运动。但权力的反复更迭和精英们的腐败，加上2010年代初达伊什建立的细胞，大大改变了局势。这种对该国历史上从未出现过的狂热或不容忍的伊斯兰教的回归，是在贫穷和被遗弃的人群中寻求身份认同的典型标志，宗教的秘密性吸引并导致所有的控制权失控。幸运的是，目前这只是少数孤立的人的情况，对于整个吉尔吉斯斯坦人民来说，"回归宗教 "仅仅意味着去清真寺和练习斋月。妇女很少戴面纱，即使这种做法在费尔干纳流域重新出现。
