自然资源：水、黄金、铀和其他金属
冰川、河流和高海拔湖泊构成了重要的水储备，主要用于农业用途。位于天山的松古湖，是全国最大的天然淡水保护区。苏联对灌溉农业的选择也导致了水坝的建设，例如在克特梅内-托德山谷的托克托古尔 。然后在掌握水的上游国家和使用水的下游国家之间建立了合作体系。具体而言，吉尔吉斯斯坦将托克托古尔水库的部分水交给乌兹别克斯坦和哈萨克斯坦，用于灌溉它们的土地。作为交换，吉尔吉斯斯坦从这两个国家获得天然气，以满足其供暖需求。自苏联时期结束后，这一体系遭到破坏，跨界地区的水冲突正在出现。全球变暖是关于水资源的另一个令人担忧的原因。气温上升，加上冰川加速融化，可能导致该国的总体储备减少。应该指出的是，有可以直接使用的水源，特别是在阿尔泰恩-阿拉善谷地。萨满教的习俗，如布条缠在树上，保护该地区--至少是象征性的。吉尔吉斯斯坦也有金属资源，包括黄金、汞和铀。位于海拔4000米的库姆托露天金矿，由一家加拿大公司经营，据说占该国GDP的12%。至于铀，在苏联时代就有矿被开采。该地区被昵称为 "天山原子堡"。这些矿场，大部分现在已经废弃，仍然在有时不足的设施中储存有毒废物。这种情况给该国边界以外的水和土壤污染带来了巨大的风险，因为这些场地位于排水中亚的河流系统的上游。
自然和人为的风险
该国的地质和地理环境使其拥有丰富的资源，但也有脆弱性，在建设基础设施时往往没有考虑到这一点。该国面临的主要自然风险是地震风险、雪崩、洪水和山体滑坡。全球变暖可能增加某些极端事件的频率和严重程度。自然风险，当与人为风险相关联时，对环境和人口有更严重的后果。例如，过度放牧助长了水土流失，削弱了土壤，使其更容易受到雪崩和洪水的影响。库姆托金矿在开始运营时没有考虑到某些自然风险。例如，2003年，由于冰川融化，设施被毁。此前，在1998年，一辆卡车意外地将2吨氰化钠洒入流入伊塞克湖的巴斯库恩河，造成死亡和中毒。境内各处都存在着汞、重金属和核废料污染的风险。家庭废物管理是另一个环境和健康问题，无论是在城市还是在乡村。最后，吉尔吉斯斯坦的空气有时在城市里非常污染，尤其是首都，那里有严重的雾霾。面对这些挑战，各种行动和规章制度正在落实到位。然而，仍有一些受保护的自然区，游客可以享受高质量的景观和环境。
自然保护区：国家公园、州立公园和生物圈保护区
为了保护该国特殊的植物和动物，已经建立了各种保护区。该国有13个国家公园（Ala-Archa, Kyrgyz-Ata, Besh-Tash, Kara-Shoro,Karakol, Chong-Kemin, Salkyn-Tor, Saimaluu-Tash, Sarkent, Alatai, Kara-Buura, Kan-Achuu 和 Khan-Teniri）。他们的目的是确保保护栖息地和物种，同时允许旅游。Ala Archa国家公园（以该地区的一种杜松树种命名）是该国最具代表性的公园之一。它距离比什凯克约30公里，拥有非凡的风景，是在山区或阿拉-阿尔恰河峡谷徒步旅行的理想目的地。这里也是雪豹种群的家园。该国也有国家自然公园，专门针对特定环境或主题（森林、地质保护区、植物学等）。最后，该国有两个被联合国教科文组织列为生物圈保护区（为保护在其海岸过冬的候鸟而建立的伊塞克湖自然保护区，以及萨拉-切列克自然保护区）。2017年，这些保护区总共覆盖了吉尔吉斯斯坦领土的7.4%。
废物管理和环境政策
地方政府已经采取了措施来管理家庭垃圾。2015年的一项法律规定，禁止在为此目的提供的设施之外掩埋或焚烧废物。然而，这项法律似乎很少被应用。此外，选择性的废物收集还没有实施。然而，当地公司已经主动发展一种循环经济，提供纸张和塑料瓶回收。关于环境问题的非政府组织和公民倡议越来越多地出现。必须在总体上努力实现千年发展目标，特别是在获得饮用水方面，这是该国总统承诺的一个问题。在国际捐助者的帮助下，行动方案正在进行中。
