国家公园
群岛拥有多种多样的自然环境。珊瑚群、古老的热带森林遗迹和 "圣林"（石灰岩土壤上的森林生态系统片段）孕育着特殊而脆弱的生物多样性。砍伐森林、捕鱼和狩猎破坏了这种生物多样性。气候变化和油气开采也对生物多样性构成威胁。该群岛只有一个国家公园，位于恩古贾岛。该公园创建于 2004 年，旨在保护仅存 5%的热带原始森林。乔扎尼-丘瓦卡湾国家公园 是一种特有灵长类动物--桑给巴尔红疣猴的家园。红疣猴受到人类活动（包括砍伐森林和狩猎）的威胁，通过与当地社区合作，红疣猴种群得到了保护。马菲亚岛上还有一个海洋公园。建议游客避免使用含有化学过滤器的防晒霜，因为这些防晒霜会对海洋环境造成有害影响。
保护渔业资源
对渔业资源的过度开发，再加上不良的捕鱼方式（如炸鱼，破坏珊瑚，或捕捉幼鱼），导致某些物种的减少，危及生物多样性和当地人口。在米萨利岛，姆万博沿海社区网络与一个非政府组织密切合作，提高渔民的意识，使他们认识到需要采取更可持续的捕鱼方式，以恢复章鱼的数量。气候变化导致海洋温度上升，对海藻产生了负面影响。海藻养殖为许多妇女及其家庭提供了生计。面对这种情况，联合国粮农组织和一个非政府组织（Blue Ventures）开设了海参养殖技术培训课程。这些海参具有食用和药用价值，是利润丰厚的贸易对象。它们对气候变化的抵御能力也更强。这些海洋动物还被认为具有再生水生环境的能力。非政府组织 Marinecultures.org 教人们种植天然海绵（它们也更能抵御海洋温度的上升），但前提是要会游泳。这两种替代海藻养殖的方法使妇女能够在适应气候变化的同时保持独立。
与废物和塑料污染作斗争
2010 年，由 10 吨回收塑料制成的单桅帆船Flipflopi 在桑给巴尔停靠。该项目得到了联合国环境规划署的支持，被称为 "清洁海洋倡议"。其目的是提高坦桑尼亚和肯尼亚沿海社区对塑料污染这一名副其实的生态祸害的认识。此后，坦桑尼亚取得了长足进步，于 2019 年在桑给巴尔岛和大陆全面禁止塑料制品。卢旺达是 15 年前第一个就此问题立法的国家，其邻国也逐步跟进。从海滩上的垃圾来看，效果已经显现。所有塑料包装都被禁止，因此行李中一定不要装塑料袋，否则可能会被罚款（不过这只是理论上的，因为抵达时没有人检查行李）。
