外源性宗教
从19世纪最后四分之一开始，乌干达人被传教士改变了信仰，他们主要是基督徒，天主教徒和新教徒的人数差不多。根据最新的人口普查（2014年），84%的人口为基督徒（39%为天主教，32%为英国圣公会），14%为穆斯林，2%的人口属于其他宗教（印度教、泛灵论、巴哈伊教、犹太教等）。根据一些学者的说法，穆斯林的人数比乌干达统计局公布的数据要多。无论如何，穆罕默德人比例最高的地区主要位于该国的东南部。与苏丹南部接壤的Yumbe区在地理上和社会学上都很突出，因为它是唯一一个穆斯林多于基督徒的领土分区。由斯瓦希里商人和埃及军队引入的逊尼派伊斯兰教占主导地位。什叶派--如伊斯梅尔教，其精神领袖是富有的阿加汗--也存在。最后，让我们注意到，在新教的教派下，有大量的教会和福音运动（五旬节教派、洗礼派......）在乌干达非常活跃。
传统宗教
在农村地区，万物有灵论的信仰仍然存在。他们相信有一种生命力，一种精神或保护性的精灵，非物质的，不可触及的，但存在于万物之中（树、河、石头......），在这种精神实体和人类之间发挥着媒介作用。在发生自然灾害、外来侵略或疾病时，人们往往会咨询和援引神灵，特别是祖先的神灵，这比基督教的上帝更有意义。对神灵的召唤（如穆本德的纳卡伊玛的神灵）涉及赎罪和祭祀仪式及供品。让我们以巴干达人的传统宗教为例来说明这一点。这是以等级制度为基础的，在等级制度的顶层，Katonda（万物的创造者）占主导地位，他在三个神殿中受到尊敬，但相对来说，他与男人和他们的日常问题相距甚远。二十八个balubaale（ "守护者"），即杰出人物的灵魂，排在第二位。他们无所不在，在寺庙中受到敬仰，他们的神谕由牧师或女祭司（mandwa）收集。祭祀是为了吸引他们的好感（肥沃、丰收等）。最后，在阶梯的最底层，有无数死者的灵魂--无论是否仁慈，都生活在山林、河流或化身为动物（如蟒蛇）--必须得到满足，特别是通过在每个家庭提供的篮子里向他们供奉（咖啡豆、金钱...）。
