东正教的基督徒
他们仍然是该国最大的宗教团体。然而，由于穆斯林的出生率较高，他们现在只占人口的46%，低于1991年独立时的近70%。该国的东正教徒进一步分为几个教会。
马其顿东正教。 该国绝大多数的东正教徒，超过70万人，属于马其顿东正教会。马其顿东正教会像大多数东正教会一样，遵循拜占庭仪式，但使用马其顿语。它也被称为奥赫里德大主教管区，其所在地是位于斯科普里的奥赫里德圣克莱门特大教堂。2022年5月9日，它被君士坦丁堡大公教会（位于土耳其伊斯坦布尔）承认为 "自体"（独立），这是全世界东正教教会中最高的 "道德 "机构。自1958年成立以来，它一直依附于塞尔维亚东正教会。但长期的冲突始于1967年，当时马其顿东正教会宣布其自体（独立）。这并没有得到任何东正教会的承认。1991年国家独立后，由于塞尔维亚牧首府拒绝给予马其顿神职人员更多的自主权，紧张局势变得更加严重。2000年，在斯科普里政府逮捕了支持塞尔维亚教会的当地牧师和僧侣后，紧张局势蔓延到与贝尔格莱德的外交关系上。2020年，最终是君士坦丁堡大公会要求塞尔维亚牧首辖区给予马其顿教会以自动教权。这在2022年5月16日完成，在此过程中得到了所有东正教会的承认。从历史角度来看，马其顿东正教会是奥赫里德大主教区的继承者。该教堂于990年左右建立，是保加利亚东正教会的所在地。1018年拜占庭人夺回奥赫里德后，它被承认为一个完整的教会，并在1767年之前一直保持着自律性。今天，马其顿东正教会在12个教区（dioces）中组织起来，其中4个教区在欧洲、北美洲和大洋洲的散居地。在北马其顿，大约有2000座教堂和修道院，500名活跃的牧师（其中大部分是按照拜占庭仪式结婚的）和100多名僧侣和尼姑。
塞尔维亚东正教。 大约有40,000人，分属同一宗教当局的两个机构。略多于一半的人属于塞尔维亚少数民族，并依赖于贝尔格莱德的塞尔维亚牧首区。他们有一个塞尔维亚神职人员，遵循塞尔维亚语和古斯拉夫语的拜占庭仪式。另一部分由马其顿人组成，他们属于 "奥赫里德东正教大区 "的自治教会（不要与 "奥赫里德大区"，即马其顿东正教会混淆）。这个自治教会于2002年在马其顿东正教会的自治权冲突中成立。它也依附于塞尔维亚牧首辖区。然而，它的神职人员大多是马其顿人，他们遵循马其顿语和古斯拉夫语的拜占庭仪式。
其他东正教徒。 大约有5万名阿尔巴尼亚人、罗马尼亚人、保加利亚人、黑山人和希腊人。这些社区中的每个社区理论上都以自己的语言遵循拜占庭仪式。然而，由于阿尔巴尼亚、保加利亚、黑山和希腊的东正教会在当地没有保留神职人员，这些信徒大多参加马其顿或塞尔维亚教会的礼拜场所。大多数东正教阿尔巴尼亚人认为自己属于马其顿族。
逊尼派穆斯林
他们是该国第二大宗教团体，拥有520,000至590,000名信徒，几乎占人口的三分之一。逊尼派是伊斯兰教的两个主要分支之一，占全世界穆斯林的85-90%。另一个主要分支，什叶派，在这里只以极端少数的方式存在。
历史和组织。 自14世纪末奥斯曼人到来后，逊尼派就一直存在于该地区。他们随着土耳其定居者的到来而发展，但特别是随着几波伊斯兰化浪潮的到来，他们得到了有利的税收制度的支持。1912年奥斯曼人离开后，一半以上的信徒逃亡，特别是逃往土耳其，直到1970年代。从1947年起，马其顿社会主义共和国的穆斯林被纳入南斯拉夫的伊斯兰社区，总部设在波斯尼亚和黑塞哥维那的萨拉热窝。自1991年独立以来，北马其顿的伊斯兰宗教团体监督着该国所有的穆斯林，但苏菲派除外，他们现在有自己的组织。该社区的总部设在斯科普里，并在那里设有1998年成立的伊斯兰科学学院。北马其顿的逊尼派得到了穆斯林占多数的国家的财政支持，特别是土耳其和波斯湾的阿拉伯王国。
人口。北马其顿的逊尼派社区由四个 "种族 "群体组成。绝大多数是阿尔巴尼亚人：大约有40万信徒。他们主要居住在斯科普里、泰托沃以及与阿尔巴尼亚和科索沃的边界沿线。在全国600多座清真寺中，他们拥有最著名的清真寺，特别是泰托沃的彩色清真寺和斯科普里的苏丹-穆拉特和穆斯塔法-帕沙清真寺。其次是土耳其人，约有7万名信徒，其次是罗姆人、阿什卡利人和巴尔干埃及人，有5万至10万名信徒。第四组逊尼派是斯拉夫人：约16,000名波斯尼亚人，4,500名托布人和150名戈兰人。
苏菲派穆斯林
据说，他们的人数在3万至5万之间，主要是阿尔巴尼亚人，分为六个苦行僧兄弟会。他们属于伊斯兰教的神秘主义和深奥的潮流：苏菲主义。这在奥斯曼时代巴尔干地区的伊斯兰化过程中发挥了重要作用。
Bektashis。 它是该国最具影响力和最重要的苏菲兄弟会，拥有约2万名追随者，并在逊尼派中拥有许多同情者。它也是伊斯兰教中最宽容的流派。例如，妇女不戴面纱，在苏菲教派的礼拜场所tekkes与男子一起祈祷。贝克塔什苦修士也容忍饮酒。该运动的核心内容包括研究《古兰经》和《圣经》、科学、人权、诗歌和尊重其他宗教。贝克塔什教借用了什叶派的一些元素，根据13世纪波斯或土耳其圣人哈西-贝克塔斯-维利的戒律，于16世纪起源于希腊色雷斯。在北马其顿，位于泰托沃的阿拉巴蒂-巴巴教是一个重要的地方：1912年，当兄弟会被逐出土耳其时，其总部被转移到这里。但这个著名的建筑群是冲突的对象：自2002年以来，它被逊尼派激进分子部分占领。兄弟会在泰托沃总共有三个tekkés，在斯科普里、比托拉、什蒂普、韦莱斯、基切沃、马凯东斯基布罗德、迪巴尔和普里莱普等城市还有八个。它主要位于阿尔巴尼亚境内。贝塔什教的世界总部在地拉那。它监管着大约700万追随者，主要在土耳其、美国和阿尔巴尼亚。
哈尔维提斯。 他们也被称为哈尔瓦提斯，是该国第二大兄弟会，在奥赫里德、斯特鲁加、基切沃、戈斯蒂瓦尔、科查尼、维尼卡、什蒂普、拉多维什和斯特鲁米卡都有教派。哈尔维提斯是世界上最大的苏菲兄弟会之一，拥有约2000万名追随者。
鲁费斯。 他们在斯科普里、韦莱斯、科查尼、维尼卡、拉多维什和斯特鲁米卡都有茶馆。该兄弟会以其仪式而闻名：Ijra。这包括进入恍惚状态，然后用尖锐的物体刺穿自己的脸颊、颈部、喉部或腹部，其大小根据苦行僧的灵性程度而不同。鲁法伊人在邻近的科索沃比较成熟。
纳克什班迪。 他们是最严格的苏菲之一，也是在全世界范围内存在最多的苏菲。在北马其顿，他们至少有两个tekkés，在Veles和Štip。
梅拉米斯。 也被称为马拉马提斯，他们被认为更接近于什叶派而不是逊尼派。在拉多维什和斯特鲁米卡有两个教区。
卡德里斯。 他们在德巴尔至少有一个tekké。与其他苏菲兄弟会一起，卡德里人自2019年起被编入位于斯科普里的北马其顿苏菲总部。
天主教徒
他们中大约有17000人，分为两个运动，有非常不同的仪式，但由同一个主教领导。
拜占庭仪式的天主教徒。他们也被称为 "联合派"，因为他们选择与教皇 "联合"，他们在国内约有11000名信徒。他们中的大多数是居住在该国东南部的马其顿人，在斯特鲁米卡周围。在2023年有14名成员的神职人员领导下，他们属于马其顿希腊天主教会。该教会依附于梵蒂冈，并在斯特鲁米卡的天主之母休眠大教堂设有会址。这个教会被称为 "希腊"，因为它像大多数东正教教会一样，遵循拜占庭仪式。因此，这些天主教徒崇尚圣像，参加礼仪（而不是 "弥撒"），神父穿Sticharion（而不是alb）和kamilavkion（黑色圆柱形帽子）。与 "经典 "天主教神职人员的另一个重要区别是，神父被允许结婚和生孩子。小规模的马其顿希腊天主教会成立于2001年，是一个使徒教会：一个直接由教皇领导的 "特殊教会"。它是1859年由宁愿服从教皇而不是君士坦丁堡希腊东正教牧首府的东正教牧师建立的 "马其顿保加利亚使徒教区 "的继承人。2018年，它被提升为教区地位：相当于一个由主教领导的教区。该教区是圣人西里尔和美多迪乌斯国际主教会议的一部分。该会议设在贝尔格莱德，将塞尔维亚、北马其顿、科索沃和黑山的罗马和拜占庭仪式的天主教团体聚集起来。
罗马礼教的天主教徒。虽然他们的人数很少--大约有6700名信徒--但他们的社区有一个著名的人物：特蕾莎修女（1910-1997），她出生在斯科普里，父母是科索沃阿尔巴尼亚人。和她一样，这些天主教徒主要居住在首都。在比托拉、什蒂普和奥赫里德也能找到他们。他们是斯科普里教区的一部分，其所在地是斯科普里的圣心大教堂。他们遵循与法国或意大利的罗马天主教徒相同的仪式，主要是马其顿人、阿尔巴尼亚人、克罗地亚人和斯洛文尼亚人。教区的起源可以追溯到5世纪，但它正式成立于1816年。由于其规模较小，该社区由马其顿希腊天主教会的主教领导。该教区既是圣徒西里尔和美多迪乌斯国际主教会议的一部分，也是弗尔博斯纳大教区的一部分。后者主要覆盖波斯尼亚和黑塞哥维那，其所在地在萨拉热窝。
新教基督徒
其中约有12,000人分布在11个不同的新教教会。以下是四个最重要的运动。
卫理公会。 该团体约有2500名成员，主要在斯特鲁米卡地区和斯科普里。它是该国最古老和最大的新教团体。1873年，随着美国传教士的到来，人们开始皈依。他们特别针对拜占庭天主教徒。该国最著名的卫理公会成员是鲍里斯-特拉伊科夫斯基（Boris Trajkovski），他从1999年起担任共和国总统，直到2004年因飞机失事而去世。
传道人。 大约有2000人，在斯科普里、比托拉、普里莱普......该运动自1988年在该国建立。该社区由马其顿人和罗姆人组成。
浸礼会。自1928年在该国成立，大约有一千人，主要在拉多维什。
公理会。 该运动自1987年以来一直存在于北马其顿。它有大约600名追随者，主要是罗姆人。总部设在斯科普里的大型罗姆人居住区Šuto Orizari。
其他信徒
犹太人。 在北马其顿境内，最古老的一神教只有70-250名信徒。犹太教的存在可以追溯到罗马时期，在基督教的发展之前。虽然该社区在奥斯曼帝国的保护下，随着从西班牙驱逐出来的塞法尔迪姆人的到来而繁荣起来，但它在1943年几乎被德国人消灭了。浩劫幸存者的后代现在生活在斯科普里、比托拉和什蒂普。在首都有一座犹太教堂开放供人礼拜。
印度教徒。 世界第三大宗教的追随者自1988年起通过两个组织出现在该国：国际克里希纳意识协会和沙迪亚-赛-巴巴大师的运动。他们在斯科普里有几个中心，另一个在什蒂普。
耶和华见证人（Jehovah's Witnesses）。这个受基督教启发的千禧年运动的追随者声称在该国有超过1200人，在斯科普里和比托拉各有一个中心。
摩门教。 基督教运动 "耶稣基督后期圣徒教会 "的追随者和传教士自20世纪90年代以来一直在这里。他们在斯科普里、比托拉和奥赫里德有三个中心。
科学论派。 截至2017年，科学论派教会是最后一个被国家承认的宗教运动之一。在斯科普里有一个中心。
无神论者和不可知论者
他们只占人口的不到1%。几乎所有的巴尔干国家都是这种情况，在这些国家，人们主要以其宗教信仰和/或宗教文化传统来定义自己。
