国家公园
德国总共有14个国家公园。其中有两个位于巴伐利亚州。巴伐利亚森林国家公园（Nationalpark Bayerischer Wald）靠近捷克共和国的边境。再往南是贝希特斯加登国家公园。这里的最高海拔约为2713米，是探索巴伐利亚野生动植物的理想之地。除了这些主要的国家公园外，还有18个自然公园，包括纽伦堡以南约80公里的阿尔特米塔尔(Altmühltal)，以及拜罗伊特以北和以东的弗兰肯瓦尔德(Frankenwald)和菲赫特尔山脉(Fichtelgebirge)。此外，还有600多个保护区（Naturschutzgebiet）。总共有近23,000平方公里的土地完全用于保护自然和动植物物种。这大约是巴伐利亚面积的三分之一！
动物区系
巴伐利亚是大量动物物种的家园。在巴伐利亚州散步时，经常会遇到野兔、狐狸、母鹿或野猪，如果你抬头看看，你会发现鸟类的品种很多，鹰的地位也很高。然而，其中许多动物，如野兔和猞猁，都被列入了濒危物种名单。因此，该地非常重视它们的重新建立和保护。自从它们被重新引入巴伐利亚森林后，现在大约有10只猞猁在野外。曾经完全消失的海狸在20世纪60年代被重新引入，现在正在设法生存并重新开辟自己的领地。
巴伐利亚的一个独特标本是Sadleriana bavarica（德语称为Bayrische Zwergdeckelschnecke ），这是一种小型淡水蜗牛，尺寸约为2毫米，从冰河时代一直存活至今。到目前为止，它只在慕尼黑的一条溪流中被发现。确切的地点是保密的，以便保护该物种不被游客发现。与大多数雌雄同体的腹足动物不同，sadlerina bavariana 是性成熟的，雄性和雌性可以通过它们的外壳区分出来。
花卉
巴伐利亚的森林基本上都是大片的云杉林。云杉(德语为Fichte)占巴州树木的44%。其次是松树（Kiefer），占19%，榉树（Buche）占12%。橡树是德国的象征性树种，其叶子装饰在1分、2分和5分硬币上，在巴伐利亚的树木中占比不超过6%。在山谷中和阿尔卑斯山脚下，有肥沃的农田。
春天一回来，大自然就恢复了它的权利，出现了许多品种的花朵。巴伐利亚拥有大量的野生物种（兰花、龙胆、阿尔卑斯玫瑰），其中最著名的是艾德莱斯（edelweiss），它是山脉上的棉白花。另一种具有象征意义的山花是galanthus nivalis，也被称为雪绒花，因为它能够在雪融化之前开花，从一月或二月开始。它是一种有毒的植物，具有呕吐功能。
有几个物种绝对是巴伐利亚独有的。Cochlearia bavarica（德语为Bayrisches Löffelkraut）是一种从冰河时代继承下来的小白花，但在1984年才被发现，其他地方都没有。它需要一个纯净的石灰质水源，其稀有性使它成为一个濒危物种。现在只在斯瓦比亚和上巴伐利亚发现它。
