国家公园和生物多样性
各种保护区的面积约占全国面积的 25%。巴拿马有 13 个国家公园，其中包括一个国际公园。其中包括
奥马尔-托里霍斯国家公园（25 275 公顷）：该公园坐落在中部山脊地带，从高处俯瞰，大西洋和太平洋的美景尽收眼底。1981 年，托里霍斯将军的飞机就是在科克莱省的这个公园里坠毁的，坠毁在海拔 1046 米的玛尔塔山（Cerro Marta）的山坡上，离白玫瑰山（Cerro Peña Blanca，海拔 1314 米）不远。徒步旅行者可以沿着公园的三条标志性小径：Los Helechos、La Rana 和 Cuerpo de Paz。
萨里瓜国家公园（ 4729 公顷）：该公园位于埃雷拉省，保护着 "萨里瓜沙漠"，这是一片干旱的盐碱地，蕴藏着惊人的生物财富。这里的红树林沼泽是包括鹈鹕在内的大量鸟类的家园。
巴鲁火山国家公园（14322 公顷）：该公园位于奇里基省，保护着从塔拉曼卡山脉中心地带拔地而起的巴拿马最高峰巴鲁火山（海拔 3475 米）的山坡。除了目前处于休眠状态的火山外，公园内还有许多水道灌溉，动植物种类繁多。
拉阿米斯塔德国际公园（20.7 万公顷）：该公园是巴拿马和哥斯达黎加共有的公园，也是联合国教科文组织世界遗产，是中美洲生物走廊的重要一环。这里的热带雨林（或称迷雾森林）栖息着整个中美洲五分之一的物种。
巴斯蒂门托斯岛国家海洋公园（ 13226 公顷，包括 1630 公顷的岛屿陆地）：该公园位于博卡斯德尔托罗群岛的中心，保护着巴拿马加勒比海地区最脆弱的生态系统。红树林、珊瑚礁和未受破坏的海滩为丰富的生物多样性提供了天堂，尤其是来这里产卵的海龟。
达连国家公园（ 579,000 公顷）。它既是生物圈保护区，也是联合国教科文组织世界遗产，是巴拿马最大的自然保护区。这里的生物多样性非常丰富，地貌从洪泛平原和红树林到与世隔绝的海滩、丛林覆盖的山脉和密不透风的森林，应有尽有。记录在案的濒危物种超过 56 种，其中许多是特有物种，还有 450 种鸟类。但是，这片广袤的土地也仍然是该国最荒凉、最危险的地区之一：一些丛林地区被武装团体控制，仍然十分危险，对于试图前往北美的移民来说尤其如此。
巴拿马运河对环境的影响
作为技术实力和民族自豪感的象征，运河很好地诠释了经济发展与环境保护之间的矛盾。二十世纪初，运河地峡的贯通首先打破了这一地区的生态平衡，在此之前，这里一直是两个美洲之间的天然走廊。运河的物理断裂减缓了动植物物种的流动，改变了该地区的进化动态。为了给运河供水，巨大的水坝还吞噬了整个山谷：土著社区流离失所，珍贵的生物多样性消失在水下，取而代之的是加通湖。如今，海上交通仍在造成严重影响：湖水污染和盐碱化、碳排放以及来自世界各地的船只运输的入侵物种的传播。自 2025 年底起，将为低碳的 "Neopanamax "轮船预留一个过境时段。根据这项鼓励可持续航运的 "净零船位 "计划，符合条件的集装箱船可保证在 24 小时内过境。
保护生命的捍卫者和大自然的权利
2020 年，该国批准了 2018 年在哥斯达黎加通过的《埃斯卡苏协定》，该协定特别旨在保护自然活动家和维护者。该协定已在拉丁美洲和加勒比地区多个国家实施，旨在特别保障土著人民的权利。该国还进一步承认自然是法律的主体
。2023 年生效的一项法律赋予大自然 "存在、持续和再生循环的权利"，为大自然的代表（无论是自然人还是法人）采取法律行动开辟了道路。
走向农业生态学实践
森林砍伐仍然是巴拿马面临的主要环境挑战之一。农业扩张和广泛的畜牧业长期以来一直在蚕食热带森林，尤其是在达连和中部省份。非法伐木和城市化加剧了这一压力。为了应对森林植被的侵蚀，该国正在制定保护和重新造林计划以及农业生态和农林业项目。例如，该国正在尝试将植树和牧草结合起来的 "silvo-pasture"。这种系统有许多优点：通过维护自然栖息地促进生物多样性，为农民提供收入，并有助于储存碳。这些举措旨在协调农村发展与生态系统保护之间的关系，以保护对气候和当地社区至关重要的自然遗产。
面对气候变化
巴拿马夹在两大洋之间，处于气候变化的前沿。虽然巴拿马一般都能躲过飓风的直接袭击，但也不能幸免于飓风带来的影响，如暴雨、洪水和山体滑坡。日益频繁的干旱同样令人担忧：近年来，为运河提供水源的加通湖和阿拉胡埃拉湖水位下降，导致航运受到限制，饮用水和水力发电受到影响。另一个强有力的象征：圣布拉斯群岛是旅游胜地，也是古纳印第安人的领地，正受到水位上升的威胁。加尔迪-苏格杜布岛已成为气候变化影响的象征。这个属于古纳人社区的小岛人口过多，经常在涨潮时街道被淹没。经过多年的讨论，巴拿马当局启动了一项搬迁计划：几百个家庭被逐步转移到大陆上为他们建造的村庄。这一史无前例的举动对社会和文化产生了巨大影响，说明了加勒比群岛的脆弱性和该国面临的气候紧急情况。面对这些挑战，该国已开始实施一项长期战略。其 2015-2050 年能源计划设定了到本世纪中叶可再生能源占比达到 50%的目标。水力发电仍占主导地位，但风能和太阳能发电正取得快速进展。
铜矿周围的动荡
铜矿是世界上消费量最大的金属之一，具有重大的经济和战略意义，但同时也对环境和社会造成了重大影响：水和空气污染、森林砍伐、土地退化、自然栖息地消失、产生有害废物等。在科隆省，由加拿大第一量子公司运营的 Cobre Panamá 铜矿是中美洲最大的露天铜矿，占巴拿马国内生产总值的近 4%。但它的历史充满争议：2017 年，最高法院裁定 1997 年的初始合同违宪。尽管如此，合同还是在 2023 年 10 月又续签了 20 年，引发了由年轻人、土著社区和工会领导的前所未有的抗议浪潮。该国经历了数周的封锁和大规模抗议。2023 年 11 月 28 日，即独立日，最高法院最终废除了特许权，翻开了巴拿马经济史上的新篇章，标志着公民在保护环境方面取得了胜利。
大坝是冲突的根源
2017年在奇里基省投入使用的巴罗布兰科大坝的建设，引起了保卫塔巴萨拉河的恩加贝原住民与巴拿马政府之间的冲突，导致工程在2015年一度暂停。建造这样一个设施时，该国的能源部门正在进行私有化，导致能源生产与该国的需求脱节，并且没有真正考虑到环境和当地居民。
