动植物
它们是热带地区的特征，但有趣的是，在这个小国，植物区系包括 400 多种兰花。动物区系包括 1 000 多种蝴蝶、500 多种鸟类、约 160 种哺乳动物和 500 多种海鱼。
植物区系以热带落叶植被为主。地势对植被类型有很大影响。从海平面到超过 2,700 米的海拔高度变化有助于森林的生长，许多河口流入海洋，形成红树林沼泽，许多淡水湖和泻湖也有自己的生态系统。森林，尤其是高山和云雾林，覆盖了全国约 17% 的面积。咖啡种植园的覆盖率为 9%。原始森林覆盖面积不足 7%，国家公园和保护区仅占 2.13%。萨尔瓦多的植物包括红木、雪松、核桃、红树林、橡胶、香脂树、松树、橡树和热带果树。药用植物和兰花为萨尔瓦多丰富的植物资源锦上添花。该国的主要森林区是位于巴尔萨莫山脉的潮湿山地森林区。
萨尔瓦多的动物 包括 500 种鸟类，其中 200 种是候鸟。其中包括 Beryline 蜂鸟和 Torogoz，后者已被宣布为萨尔瓦多国鸟。这种鸟的特点是颜色多样，尾巴很长，末端有两根细长的金字塔形羽毛。这种地方特有的独特鸟类分布在多个山区。不幸的是，它被视为濒危物种。
该国的鸟类并不一定是该国独有的；其中许多鸟类分布在整个中美洲地区，还有许多鸟类从北美洲南部到南美洲北部都有分布。其他物种只是路过，迁徙以抵御寒冷。
哺乳动物包括美洲虎、贝尔德貘、土狼、猫鼬和多种猴子、犰狳、浣熊、蟒蛇、食蚁兽、水獭和豪猪。其他比较常见的动物包括松鼠、山羊、兔子和狐狸。
至于两栖动物和爬行动物，大约有 4 种蟾蜍、7 种青蛙、19 种蜥蜴、24 种蛇和 1 种乌龟。其中包括响尾蛇、珊瑚蛇、假珊瑚蛇、绿鬣蜥、蟒蛇、黑眼树蛙、挂锁龟和凯门鳄。
自然保护区
萨尔瓦多是世界上森林砍伐最严重的国家之一，也是美洲仅次于海地的森林砍伐第二严重的国家，原始森林仅剩不到 7%，人口日益过剩导致城市基础设施建设大量增加。如今，保护区少之又少，但该国正在努力维护一些自然区域，以支持当地特有的动植物。萨尔瓦多人有着悠久的狩猎传统；与此同时，贫困迫使很大一部分人将野生动物作为蛋白质补充。传统上，人们大量食用鬣蜥和加罗博等物种；它们的肉和蛋都非常珍贵。对野生动物的开发利用是被禁止的。
目前有 24 个保护区，涵盖各种陆地和海洋生态系统。
主要有萨波河、伊洛潘戈湖、丰塞卡湾、查干提克森林、火山国家公园、埃尔皮塔尔山、特卡帕火山和阿莱格里亚湖、洛斯科巴诺斯礁、蒙特克里斯托国家公园、卡莱拉山丘和博克龙国家公园。
其中一个保护区是查冈提克森林，这里有 50-60 米高的大树，是蜘蛛猴的家园，蜘蛛猴是一种每条腿只有四个脚趾的猴子，曾濒临灭绝。在纳瓦特尔语中，Chaguantique 的意思是 "美丽的泉水之地"。这片森林有许多泉水和一系列池塘。
洛斯科巴诺斯珊瑚礁有多个海滩，整个地区的沙滩呈蜜色，由珊瑚组成，水域平静，岩石造型独特。该保护区的海洋生态系统面积达 264 平方公里，因其丰富多样的自然景观而受到环境保护。
在洛斯科巴诺斯观鲸很常见，尤其是座头鲸。科学研究表明，这里营养丰富，吸引了这些体型巨大的哺乳动物，它们在 1 月和 2 月期间在这里的水域觅食和休息，然后继续从阿拉斯加迁徙到厄瓜多尔。
这个地点特别重要，因为它拥有墨西哥和哥斯达黎加之间唯一的珊瑚礁群。在这里，红树林等生态系统为濒危物种以及棱皮龟和英氏海马等被列为易危物种提供了庇护和栖息地。这里也是萨尔瓦多唯一能找到 Porites lobata 珊瑚的地方。
濒危或受威胁的动植物
污染、人口过剩和为开垦最后一公顷土地而砍伐森林，给大自然带来了极为不利的后果，包括大量动物物种濒临灭绝。
这些濒危动物包括
鸟类： 7 个物种濒临灭绝，包括雀鹰、秃鹫王、魁特扎尔和托罗戈斯。
鱼类、两栖动物和爬行动物：17 个物种濒临灭绝，包括红眼树蛙、蝾螈和凯门鳄。
哺乳动物：6 个物种受到威胁，包括美洲豹、猫鼬和蜘蛛猴（萨尔瓦多唯一的原生动物）。
植物也是如此：由于滥砍滥伐和非法开采森林资源，萨尔瓦多共有 52 个树种被确定为濒危物种。
