加勒比地区最早建立的天主教教区是在15世纪的波多黎各。 随着西班牙人的到来，天主教以一种排他性和专制的方式传播。岛上绝大多数市镇都有自己的教堂，通常位于村子的中心广场，与市政厅相对。波多黎各人的日常生活以宗教节日和仪式为标志。教堂在周日的弥撒中常常座无虚席，尽管它们正在逐渐空出。许多波多黎各人在开始进食前感谢上帝。念珠经常被挂在家庭汽车的中央镜子上。因此，衡量岛民对天主教的热情的最好方法是去参加狂欢节。为准备这个节日而投入的热情和精力是天主教的仪式，还是单纯的传统，还有待观察。每个人都能找到他们想看的东西。
美西战争后，新教在该岛发展。波多黎各的第一座新教教堂--霍利三一圣公会教堂成立于1872年，但直到1898年美国人到来，宗教自由才被允许敲钟。浸礼会教徒、卫理公会教徒和长老会教徒组成了这个群体，他们的大多数追随者都声称来自天主教。美国是世界上福音派信徒最集中的国家（占人口的近30%），预计波多黎各也将遵循这一趋势，一些研究人员预测，在不久的将来，福音派信徒将占到波多黎各人口的75%。
波多黎各也是加勒比地区最大的犹太社区的所在地，并且是唯一一个犹太教三大流派--正统派、保守派和改革派--都活跃的岛屿。它有大约3000名成员，大多数是在纳粹德国时代从欧洲来的移民的后裔。第二波来自古巴的犹太移民为躲避搜捕而加入了该组织。在圣胡安有三个活跃的犹太教会，在马亚圭斯有一个。岛上有犹太教食品。
伊斯兰教在加勒比地区仍然不为人知。虽然在非洲奴隶中，伊斯兰教无疑是秘密的代表，但它被正式引入波多黎各可以追溯到二十世纪中期，当时有大量的巴勒斯坦人移民。今天，还有一个巴基斯坦人和埃及人社区经常去清真寺。第一座清真寺于1981年在里奥皮德拉斯镇建立。今天，全国有九座清真寺，大约有5000名信徒。
至于流行的信仰，有了与伏都教相媲美的桑特利亚，尽管有天主教和福音派教会的影响，但波多黎各人仍然崇尚某些扎根于非洲文化的约鲁巴神灵。这种做法可以追溯到奴隶时代，他们被迫采用天主教，将天主教圣徒的某些庆祝活动与他们自己的神灵人物相提并论。宗教共融或双重文化归属？无论怎样，真正的非洲文化遗产是存在的，祖先崇拜在波多黎各社会仍然是一个持久的做法。最后一个以奴隶后裔为主的社区在洛伊萨镇。正是在这里，每年7月的圣地亚哥阿波斯特尔节将这种非洲和西班牙天主教传统的独特融合带入了生活。
