外源性宗教
乌干达人主要信仰基督教，天主教徒和新教徒的人数大体相当。根据最新的人口普查（2014 年），宗教细分如下：84% 的人信仰基督教（其中 39% 的人信仰天主教，32% 的人信仰圣公会/新教，其余的人信仰其他基督教新教教派，如福音派和五旬节派），14% 的人信仰伊斯兰教，2% 的人信仰其他宗教（印度教、泛灵论、巴哈伊教、犹太教等）。一些学者认为，穆斯林的人数比乌干达统计局公布的数字要多。无论如何，穆罕默德信徒比例最高的地区主要位于乌干达东南部。与苏丹南部交界的云贝（Yumbe）区在地理和社会方面都很突出，因为它是唯一一个穆斯林多于基督徒的地区。由斯瓦希里商人和埃及军队传入的逊尼派伊斯兰教占主导地位。什叶派--如伊斯梅尔教，其精神领袖是富有的阿迦汗--也存在。最后，还有大量福音派教会和运动（五旬节派、浸礼会等）在乌干达非常活跃，并被归入新教的范畴。事实上，自 2014 年以来，福音派和五旬节派教会在乌干达的影响力不断增强。到 2024 年，约有 25%至 30%的人口将属于这些福音派运动，这比十年前五旬节派占 11%的比例有了显著提高。
传统宗教
在农村地区，万物有灵论的信仰仍然存在。他们相信有一种生命力，一种精神或保护性的精灵，非物质的，不可触及的，但存在于万物之中（树、河、石头......），在这种精神实体和人类之间发挥着媒介作用。在发生自然灾害、外来侵略或疾病时，人们往往会咨询和援引神灵，特别是祖先的神灵，这比基督教的上帝更有意义。对神灵的召唤（如穆本德的纳卡伊玛的神灵）涉及赎罪和祭祀仪式及供品。让我们以巴干达人的传统宗教为例来说明这一点。这是以等级制度为基础的，在等级制度的顶层，Katonda（万物的创造者）占主导地位，他在三个神殿中受到尊敬，但相对来说，他与男人和他们的日常问题相距甚远。二十八个balubaale（ "守护者"），即杰出人物的灵魂，排在第二位。他们无所不在，在寺庙中受到敬仰，他们的神谕由牧师或女祭司（mandwa）收集。祭祀是为了吸引他们的好感（肥沃、丰收等）。最后，在阶梯的最底层，有无数死者的灵魂--无论是否仁慈，都生活在山林、河流或化身为动物（如蟒蛇）--必须得到满足，特别是通过在每个家庭提供的篮子里向他们供奉（咖啡豆、金钱...）。
