逊尼派
逊尼派是世界上最大的伊斯兰教分支，是波斯尼亚和黑塞哥维那的主要宗教，约有160万人口，约占人口的50%。该国的逊尼派大多数是波斯尼亚人，大多数罗姆人、阿尔巴尼亚人和土耳其人也属于这一宗教。与巴尔干半岛的其他地区一样，伊斯兰教总体上仍然是温和的，并局限于私人领域。大多数逊尼派教徒声称自己有宗教信仰，遵守穆斯林的主要节日（宰牲节和开斋节），并在斋月期间去清真寺。但他们很少表现出与众不同的迹象（妇女很少戴头巾），有些人允许自己饮酒和/或与天主教徒一起参加圣诞弥撒。整个社区被置于一位大穆夫提的领导之下，他是波斯尼亚和黑塞哥维那伊斯兰社区的负责人。后者总部设在萨拉热窝，成立于1993年，还管辖着波斯尼亚侨民和塞尔维亚、克罗地亚、斯洛文尼亚、黑山和匈牙利的逊尼派社区。从理论上讲，该国的苏菲兄弟会也依赖于大穆夫提，即使它们是自治的，不属于逊尼派的潮流（见下文）。奥斯曼人于1396年到达后，这些兄弟会就率先将当地居民伊斯兰化。今天的波斯尼亚人是皈依者的后代，他们中的大多数属于波斯尼亚教会（被其他基督徒认为是 "异端"）。然而，大多数的皈依者是在16世纪发生的。该国所有主要的历史清真寺都是这一时期的产物：萨拉热窝的Gazi Hüsrev-Bey清真寺（1531年）、Foča的Adaža清真寺（1550年）、Banja Luka的Ferhadija清真寺（1579年）等等。不幸的是，正如波斯尼亚人是1992-1995年战争的主要受害者一样，大部分清真寺（81%）都被摧毁。因此，战后时期的特点是穆斯林国家（沙特阿拉伯、土耳其......）大力参与重建清真寺和城市，但也影响了伊斯兰教的做法。这种外国干涉，加上冲突产生的怨恨和持续的经济危机，鼓励了逊尼派原教旨主义的崛起，出现了瓦哈比主义和萨拉菲主义。虽然是少数，但激进的伊斯兰教徒现在控制着几个清真寺。近年来，他们还加入了叙利亚和伊拉克的 "达伊什 "组织，目前已有300多名前波斯尼亚圣战分子返回该国。但应该强调的是，波斯尼亚和黑塞哥维那的绝大多数逊尼派都是宽容的，信奉温和的伊斯兰教。
正统主义
东正教基督徒估计约有90万人，约占人口的31%。这些人包括小规模的黑山人、马其顿人和俄罗斯人。但该国绝大多数的东正教徒是波斯尼亚-塞尔维亚人，属于塞尔维亚东正教会。他们依赖于达布罗-波斯纳的大都市，其所在地是萨拉热窝的圣母诞生大教堂（1863）。然而，自1995年以来，96%的波斯尼亚塞族人居住在波斯尼亚塞族共和国，正是巴尼亚卢卡新建的 基督救世主大教堂 （2009年）成为塞尔维亚东正教在该国的中心。东正教（希腊语中字面意思是 "正确的意见"）是基督教的主要分支之一。东正教教会是按 "国家 "组织的，彼此相互独立。塞尔维亚东正教会的会址在塞尔维亚的贝尔格莱德，在波斯尼亚和黑塞哥维那以及所有塞尔维亚人社区居住的国家都有管辖权。它遵循拜占庭仪式，允许牧师结婚，承认圣像的神圣性，礼仪（弥撒）采用塞尔维亚语或教会斯拉夫语（旧斯拉夫语）。拜占庭人逐渐皈依基督教（7-12世纪），塞尔维亚人曾一度统治巴尔干地区（13-14世纪），然后落入奥斯曼人的控制之下（15-19世纪）。除了几次叛乱外，他们在很大程度上享有对奥斯曼人的自治权。苏丹人还在很大程度上偏袒东正教的神职人员，牺牲天主教徒的利益。以至于塞族人在很长一段时间内都是波斯尼亚-黑塞哥维那的主要社区。但从1960年代起，他们在人口上被穆斯林超越了。正是波斯尼亚人的高出生率和战争的后果使他们退居第二位。在第二次世界大战期间，许多塞族人在整个南斯拉夫被克罗地亚人屠杀，波斯尼亚和黑塞哥维那的大多数东正教教堂和修道院被摧毁。在为数不多的有价值的遗迹中，包括巴尼亚卢卡附近的15世纪 的小修道院Liplje，以及萨拉热窝的16世纪的大天使迈克尔和加布里埃尔教堂。这种对其纪念碑的无情攻击部分地解释了波斯尼亚塞族人在波黑战争期间致命的复仇欲望，以及后来自1995年以来笼罩波斯尼亚塞族共和国的建造礼拜场所的狂热。这也使我们能够更好地理解波斯尼亚塞族人对他们的教会的非常强烈的依恋，以及为什么他们形成了该国最虔诚的社区。
天主教
罗马天主教的基督徒人数刚刚超过50万，占人口的15%至16%。他们中的大多数是波斯尼亚-克罗地亚人。但也有大约4000名属于少数民族的信众：意大利人、匈牙利人、捷克人、波兰人、德国人、斯洛文尼亚人和斯洛伐克人。他们都属于萨拉热窝教会省，其所在地是首都的圣心大教堂 （1889）。然而，大多数天主教徒居住在波斯尼亚和黑塞哥维那联邦与克罗地亚边界附近的各县，特别是在黑塞哥维那和Tropolje地区。天主教徒在波斯尼亚和黑塞哥维那的起源可以追溯到679年的杜夫诺（Tropolje）会议，该会议标志着教廷和拜占庭之间第一次重大的领土划分。这种存在由于天主教国家（克罗地亚、匈牙利、奥匈帝国）的征服而得到加强，但也由于拉古桑商人（来自今天的杜布罗夫尼克）和方济各会修士的定居而得到加强，他们在这个国家仍然占据着主导地位。最近的历史有两个现象。首先，在第二次世界大战期间，天主教神职人员与克罗地亚亲纳粹政权合作。这导致了解放后整整一部分天主教堂和修道院被毁，然后是南斯拉夫当局的不信任，长期禁止波斯尼亚克族人建造新的礼拜场所。这就解释了为什么该国的大多数天主教纪念碑都是最近才建造的，例如位于巴尼亚卢卡的著名的圣博纳文德大教堂（1973年）和位于莫斯塔尔的圣彼得和圣保罗方济各会修道院（2001年），其巨大的钟楼是巴尔干地区最高的基督教建筑（107.20米）。另一个引人注目的现象是自1981年以来在莫斯塔尔附近的梅杜戈尔耶发生的 "圣母显灵"。尽管教皇不承认其为 "神迹"，但它们使这个黑塞哥维那的村庄成为欧洲的主要朝圣地之一，每年吸引了约200万游客。波斯尼亚-克罗地亚人总体上相当虔诚（约50%参加周日弥撒），并赞同教皇所捍卫的立场。最后，该国还有一个天主教群体：乌克兰人。他们中大约有一千人居住在巴尼亚卢卡地区，他们属于乌克兰希腊天主教会。后者承认教皇的权威，但遵循拜占庭仪式（牧师的婚姻，对圣像的崇拜等）。因此，乌克兰少数民族感觉与塞尔维亚东正教更接近。
苏菲主义、什叶派和伊斯兰教的其他思潮
自1995年以来，一些伊斯兰教或类似伊斯兰教的潮流已经发展起来，约占人口的2%。最有影响力的是苏菲主义。它是伊斯兰教的神秘主义潮流，因其在土耳其和埃及的旋风苦行僧而最为著名。它在波斯尼亚人的伊斯兰化过程中发挥了核心作用，自1995年以来，在土耳其的支持下，它一直处于复兴状态。尽管苏菲主义在该国的追随者不超过3万人，但它在波斯尼亚人中享有相当大的光环。它提供严格的宗教教义，但采用人文主义的方法，与逊尼派原教旨主义相反。在全世界二十多个塔里卡特（苏菲兄弟会）中，有两个在波斯尼亚和黑塞哥维那存在，并有几个特克兹，即祈祷和讨论的地方，也欢迎苦行僧的到来。首先是纳克西班迪兄弟会（Naqshbandiyya），这是世界上最重要的兄弟会之一。它拥有莫斯塔尔附近著名的、宏伟的布拉加伊（1520年）的tekké。卡德里斯兄弟会（Qadiriyya）主要在巴尔干地区发展。它的中心是萨拉热窝的哈吉-西纳诺瓦茶馆（1640）。此外，"新苏菲主义 "也在兴起，其运动源于Nakshibandis，在波斯尼亚青年中拥有大量追随者。苏菲派还于每年6月在普鲁沙克（波斯尼亚中部）组织了欧洲最重要的穆斯林朝圣活动之一。该国第二大伊斯兰少数民族是什叶派，是仅次于逊尼派的第二大伊斯兰教分支。它是在伊朗的影响下出现的，伊朗是在上次战争中最早支持波斯尼亚人的国家之一。什叶派人数不多（不到5000人），但他们有重要的联系：萨拉热窝的一个电视频道、一所学校和三个研究所。更有影响力的是土耳其知识分子和教士法土拉-居伦（Fethullah Gülen）（生于1941年）的希兹梅特运动。该运动以美国为基地，最初与苏菲主义非常接近，主张既是原教旨主义又是现代主义的伊斯兰教。该运动的追随者于1997年出现在这里，人数不多（约一千人），但管理着一个庞大的教育网络，包括在比哈奇和萨拉热窝的两所大学。最后，我们应该提到两个与伊斯兰教相近的潮流，它们在该国各自声称有不到300名追随者：艾哈迈德教，一个提出对《古兰经》进行人文主义解读的救世主运动，以及巴哈教，一个根植于伊斯兰教同时与犹太教和基督教相融合的独立宗教。
其他宗教
他们的人数约为3000人（不到人口的0.1%）。今天，大约有一千名犹太人主要居住在萨拉热窝。但是，自古代结束以来，犹太教一直在波斯尼亚-黑塞哥维那进行活动。从西班牙被驱逐并受到奥斯曼人欢迎的塞法尔犹太人的定居（1581年）加强了它的存在，然后随着奥匈帝国的到来（1878年）来自中欧的阿什肯纳兹犹太人的定居。在1941年的14000名波斯尼亚犹太人中，有10000人死于浩劫。萨拉热窝被昵称为 "巴尔干半岛的耶路撒冷"，但它仍然保留了重要的犹太遗产，特别是犹太博物馆所在的旧圣殿（1581年）、仍然开放供人礼拜的阿什肯纳兹犹太教堂（1902年）、萨拉热窝犹太公墓（当今欧洲最古老和最大的公墓之一），或者保存在国家博物馆的14世纪的珍贵插图书《萨拉热窝哈加达》。该国还有约一千名新教基督徒（波黑战争前约为一百名），分布在十个城市。耶稣基督末世圣徒教会（摩门教）于1972年在南斯拉夫成立，在萨拉热窝、巴尼亚卢卡和图兹拉声称有不到100名信徒。印度教是不结盟运动（1961年）和南斯拉夫与印度之间建立联系的遗产，在萨拉热窝和巴尼亚卢卡有300-500名信徒。此外，还出现了一种斯拉夫新异教，它试图恢复巴尔干地区第一批斯拉夫部落的传统，并拒绝被认为是造成国家分裂的一神教。特别是斯瓦罗日协会（"斯瓦罗格圈"，以斯拉夫天神或火神命名）的情况。该协会成立于2011年，在莫斯塔尔和萨拉热窝只有几十名成员。然而，古老的斯拉夫传统更广泛地存在于波斯尼亚人、波斯尼亚-塞尔维亚人和波斯尼亚-克罗地亚人的民间传说中。
无神论
无神论者和不可知论者在波斯尼亚和黑塞哥维那极为罕见，估计有35,000人，即刚超过人口的1%。不信教者人数的减少是1990年代以来前南斯拉夫的一个普遍趋势：民族主义的兴起和战争导致每个民族重新把宗教作为身份的象征。少数公开的无神论者或不可知论者的波斯尼亚人往往是社会压力、歧视甚至暴力的受害者。
一个消失的宗教：波斯尼亚教会
斯拉夫人到来后（6-7世纪），波斯尼亚-黑塞哥维那仍然没有被基督教徒控制。在11世纪，它成为Bogomils的避难所，这些巴尔干基督徒因异端而被追捕。也正是在这个时候，波斯尼亚试图将自己从邻近的王国中解放出来。波斯尼亚教会于1252年在与罗马天主教会的分裂中诞生。它保留了后者的大部分仪式，但模仿塞尔维亚东正教，采用古斯拉夫语作为其礼仪语言。在成为波斯尼亚王国（1377-1463年）的官方教会后，它还融合了某些斯拉夫自然崇拜：见证了刻在stećci（中世纪墓碑）上的标志，在该国被联合国教科文组织列为世界遗产的20个遗址中可以找到这些标志。波斯尼亚教会在奥斯曼时代消失了，大多数信徒在16世纪转向伊斯兰教。
