国家公园
吉布提的生物多样性与非洲之角的生物多样性一样，十分脆弱并受到威胁。为了保护物种，吉布提在全国范围内禁止狩猎，包括水下狩猎。
戴伊森林国家公园：位于塔朱拉湾以西，是原始森林遗迹的所在地，主要由濒临灭绝的非洲刺柏（Juniperus procera）组成。这里拥有独特的动植物多样性，包括吉布提特有的鸟类--吉布提穿山甲。
穆查岛和马斯卡利岛：位于塔朱拉湾附近，这些岛屿拥有特殊的生物多样性，包括一种特有物种--白鸢尾鸥，以及美丽的风景、红树林沼泽和沙滩。海底资源极为丰富，有珊瑚花园和众多鱼类。虽然马斯卡利南部是自然保护区，这两个岛屿也是海洋保护区的一部分，但有时会出现乱扔垃圾的现象，这些地区也是外国投资者垂涎的地方。我们鼓励前往这些岛屿的游客对生物表现出最大的尊重（例如，采取 "零垃圾 "的方式，或使用不含化学过滤器的防晒霜，因为化学过滤器会对珊瑚产生有害影响）。
对红海的威胁
红海拥有丰富的生物多样性，有 200 多种珊瑚和种类繁多的动物。红海是一条狭长的海岸线，与八个国家接壤，是世界上最重要的海上贸易通道之一，途经曼德海峡（Bab-el-Mandeb Strait）。这种活动对生态系统构成威胁，特别是通过将船舶的各种水箱（压载水箱，装有从另一地区抽来的海水，一旦溢出，会破坏当地的生态系统；或泥浆箱，通过将泥浆排入大海，造成环境污染）排入大海。
红海还面临着一个重大威胁，这是一把名副其实的达摩克利斯之剑，自 2015 年以来一直悬在红海上空。这是一艘被胡塞反叛派困在也门水域的油轮--"赛费尔"号，由于船龄较长，有可能向红海泄漏 100 多万桶（或 1.6 亿多升）石油。尽管联合国在 2020 年夏天进行了干预，但仍未找到任何解决办法。货物泄漏或爆炸会对海洋生物多样性造成极其严重的破坏。此外，随着流量的增加（与人口增长有关），污水和废物处理基础设施的缺乏也加剧了红海水域的污染，对健康和环境造成影响。
水资源和气候变化的问题
该国水资源匮乏，地下水不足以满足该国日益增长的需求，而在过去三十年中，由于人口增长和城市化，该国的水资源需求增加了两倍。这种水资源紧张的状况不仅对居民的饮用水供应构成威胁，也对农业和畜牧业构成威胁。持续的气候变化加剧了干旱期，加速了该国的荒漠化，并使这个本已营养不良的国家面临粮食不安全的威胁。全球变暖还导致海平面和气温上升，这些现象将加速海岸侵蚀和生物多样性的减少。全球变暖还助长了携带疾病的物种的出现，例如一种原产于亚洲的蚊子--雅氏按蚊，自2012年以来，吉布提一直有这种蚊子的记录，它是该国疟疾重新抬头的罪魁祸首。
应对气候变化的行动
吉布提签署了《巴黎协定》，该协定旨在到本世纪末将气温升幅限制在工业化前的+2°C。为实现这一目标，吉布提已着手采取措施减缓全球变暖，并制定了一项雄心勃勃的计划，旨在到 2035 年通过生产可再生能源（太阳能、风能，尤其是地热能），实现 100% 的可再生能源组合。但挑战是巨大的。
此外，还制定了适应气候变化的措施，以提高粮食的抗灾能力，当地农业和牲畜饲养以当地喂养的小牲畜群为基础。这包括修建用于灌溉和牲畜饮水的井眼和堤坝、培训农民、恢复农田和植树造林项目。为了保护地下水，吉布提建立了海水淡化和废水处理厂，将水重新用于农业。 然而，废水处理系统仍然有限，甚至根本不存在，地下水的大量开采正在耗尽水资源。
从达喀尔到吉布提的绿色长城
该项目于 2007 年启动，最初的目标是防治荒漠化。多年来，该项目已从植树造林扩展到与当地社区合作，在从达喀尔到吉布提的 11 个国家的 8000 公里土地上开展行动。2030 年的目标是恢复 1 亿公顷退化土地。但这一雄心勃勃的生态项目却苦于资金短缺，而且还要应对所跨越国家时而敏感的局势（冲突和恐怖威胁）。迄今为止，"绿色长城 "只完成了 5%。
