空气污染
空气污染是香港和澳门的主要问题。这两个城市不仅受到自身工业的影响，而且还受到中国大陆特大城市的影响，特别是与香港接壤、拥有 1 200 万居民的深圳。据估计，香港约有一半的空气污染来自境外。虽然整个地区在 20 世纪 80 年代和 90 年代都经历了严重的工业化，但 2000 年代初的情况最为糟糕，当时香港和澳门经常笼罩在被称为烟雾的污染云中。根据香港天文台的数据，2004 年能见度降低了 18%。同年，香港至少有 4000 人因空气质量差而死亡。除了工厂排放的废气，人口过于密集产生的汽车尾气也使当地空气质量下降。非政府组织 "清新空气网络 "在 2021 年进行的一项研究发现，香港每年有 385 例死亡直接归因于船舶造成的空气恶化。
2013 年 3 月，政府发布了《香港清新空气计划》，推出了多项改善空气质量的措施，并将于 2035 年更新。该计划特别注重在香港引入私人电动汽车，以及将出租车和公交车改用清洁燃料。从现在起，船舶也必须使用低硫燃料。由于采取了这些措施，从 2010 年到 2020 年，空气中某些污染物的含量减少了 40%至 50%。此外，还定期开展一些宣传活动，特别是鼓励人们尽量使用公共交通工具。因此，根据空气质量分析机构 IQAir 的数据，香港已跌出全球空气污染最严重的 50 个国家之列。2023 年，香港将排名第 68 位，而澳门将排名第 64位。
水污染
香港和澳门都存在严重的水污染问题。这是由于大量废水和其他工业污水污泥被直接排入南中国海。因此，不宜食用海里的鱼，尽管这种情况越来越少，因为渔民现在不得不到离海岸很远的地方去撒网捕鱼。至于游泳，政府每隔 15 天就会在环境保护署网站上向公众发布一份水质分析报告。
废物管理
废物管理是香港面临的最重大挑战之一，其次是澳门。香港每年产生约 500 万吨固体废物，澳门为 50 万吨。这些数字会随着人口的增长而增加，同时也因为新的消费习惯，送货上门已成为一种普遍现象。
香港打算采取强有力的措施来解决这一问题，并于 2021 年通过了《香港 2035 年废物蓝图》：计划到 2035 年采取一系列行动。目标是到 2035 年，人均家庭废物产量至少减少 40%。为了从源头上解决问题，政府在 2024 年推出了一个新的解决方案：旨在减少废物产生的家庭废物收费制度。居民将根据其产生的垃圾量收费。2020 年，作为该计划的一部分，香港环境保护署还推出了新的废物收集系统，包括 133 个收集站，其中一些专门用于回收。
在澳门，目前的垃圾情况仍较为合理，但产量仍在逐年增加。澳门倾向于采用焚烧法处理垃圾，因为在如此有限的区域内，垃圾填埋不是一种选择。然而，焚化能力已逐渐达到极限，因此，如何组织更可持续的废物管理将很快成为该地区面临的主要挑战之一。
保护区
香港是亚洲国家中保护面积最大的国家之一，超过 40% 的国土面积被划为保护区。例如，湿地公园占地 60 公顷，是许多鸟类、昆虫和植物的家园。游客不仅可以在水边的平台上漫步，还可以在展览中心了解更多有关动植物的知识。同时，嘉道理农场和植物园曾经是一个农业区，但现在已被改造成一个生物多样性保护公园。园内有热带温室、研究有机耕作方法的菜园、鹿园和蝴蝶馆。但是，这座城市不仅保护自己的土地，还保护自己的水域，在这片仅占其表面积 0.03% 的区域内，生活着近 6,000 个物种，占中国海洋生物多样性的 25%！海下湾海洋公园是历史最悠久的海洋公园之一，于 1996 年宣布成立，占地 260 公顷，有 60 种珊瑚在此栖息，具有极其重要的意义。
另一方面，澳门的保护区较少，大部分都已高度开发。不过，有些地方也在努力保护物种，比如熊猫馆。这个占地 3,000平方米的野生动物园是大熊猫和其他珍稀或濒危动物的家园，确保它们得到保护。
